2026.02.20

ACCOUNTING

年末調整と確定申告どっちがいい？両方必要なケースと負担を軽減する実務のコツ

年末から年度末にかけて、経理担当者や経営者にとって最も忙しい時期がやってきます。「年末調整」と「確定申告」。この2つの手続きについて、「従業員にはどちらを案内すべきか」「経営者自身は両方必要なのか」と迷われるケースも少なくありません。

特に近年は副業解禁や働き方の多様化により、判断が複雑化しています。正しい知識がないと、従業員からの問い合わせに答えられなかったり、本来受けられるはずの還付金を受け取り損ねたりする可能性も考えられます。

本記事では、年末調整と確定申告の違いやスケジュール、実務をスムーズに進めるためのポイントを解説します。複雑な業務負担を軽減し、本来の業務に集中するための判断材料としてお役立てください。

年末調整と確定申告の違いは？両方やるべきケースも解説

まずは、年末調整と確定申告の基本的な違いについて整理しましょう。どちらも「1年間の所得税を確定させ、過不足を精算する手続き」ですが、「会社が行うか（年末調整）」「個人が行うか（確定申告）」という点に大きな違いがあります。

会社員は年末調整、個人事業主は確定申告が原則

原則として、会社員や公務員などの給与所得者は「年末調整」で納税が完了します。毎月の給与から概算で天引き（源泉徴収）されている所得税を、年末の正しい所得額に基づいて再計算し、払いすぎた分を返金、あるいは不足分を徴収するのが年末調整です。会社が従業員に代わって行うため、従業員本人が税務署へ行く必要はありません。

一方、個人事業主やフリーランスは、自分で1年間の所得と税額を計算し、税務署へ申告する「確定申告」が必要です。これが、両者の最も基本的な区分けとなります。

「どっちがいい」ではなく役割が違う！両方やるメリット

よく「年末調整と確定申告、どっちがいいのか？」という疑問を耳にしますが、これは選択制ではなく、立場や状況によって決まる制度です。しかし、会社員であっても「年末調整だけでなく、確定申告も行ったほうがいい（得をする）」ケースが存在します。

例えば、多額の医療費がかかった場合の「医療費控除」や、寄附を行った場合の「寄附金控除（ふるさと納税のワンストップ特例を利用しない場合）」などは、年末調整では処理できません。会社で年末調整を済ませた後、個人で確定申告を行うことで、納めすぎた税金が還付される可能性があります。「年末調整済みだから関係ない」と思い込まず、適用できる控除がないか確認することが大切です。

年収2000万円超や副業など確定申告が必須となる条件

任意ではなく、制度上「必ず確定申告をしなければならない」ケースもあります。経理担当者は、以下の条件に当てはまる従業員や役員がいないか注意が必要です。

給与の年間収入金額が2,000万円を超える人：この場合、会社での年末調整は行われません。経営者や役員の方に多いケースです。
副業（給与所得以外）の所得が年間20万円を超える人：2か所以上から給与をもらっている場合や、副業で利益が出ている場合が該当します。

同族会社の役員などで、会社から貸付金の利子などを受け取っている人：会社から受け取る利子などは給与とは別の所得（雑所得）となり、確定申告が必要です。

これらに該当するにもかかわらず申告を怠ると、無申告加算税などのペナルティが課される恐れがあります。

いつまで？年末調整と確定申告の年間スケジュールと期限

年末年始の経理業務はスケジュール管理が命です。いつまでに何を行うべきか、全体の流れを把握しておきましょう。

11月〜12月：年末調整の書類配布・回収・計算の実務

企業の経理部門にとって、年末調整は11月頃からスタートします。

11月中旬〜下旬：従業員へ申告書（扶養控除等申告書など）を配布。
12月上旬：従業員から申告書と各種控除証明書を回収。
12月中：回収した書類の内容確認、不備の修正依頼、年税額の計算。
12月の給与支給日：過不足税額の還付または徴収、源泉徴収票の交付。
翌年1月：税務署や市区町村へ法定調書や給与支払報告書を提出。

短期間に大量の書類チェックと計算を行うため、事前の周知とスケジュール管理が業務効率化のカギとなります。

2月16日〜3月15日：確定申告の作成と提出期間

年が明けると、確定申告のシーズンに入ります。例年、2月16日から3月15日が所得税の確定申告期間です（土日の関係で前後することがあります）。

経営者が個人の確定申告を行う場合、会社の決算業務とは別に個人の資料を準備する必要があります。ギリギリになって慌てないよう、1月の段階で源泉徴収票や領収書の整理を始めておくことをおすすめします。

期限に遅れた場合のペナルティと還付申告の特例

もし3月15日の期限に遅れてしまうと、「期限後申告」扱いとなり、本来納めるべき税金に加えて「無申告加算税」や「延滞税」がかかる場合があります。青色申告特別控除の最大65万円控除が適用されなくなるデメリットもあるため、期限厳守が基本です。

ただし、税金が戻ってくる「還付申告」については、期限を過ぎても問題ありません。対象となる年の翌年1月1日から5年間は申告可能です。「医療費控除を忘れていた」という場合でも、5年前までさかのぼって申告できますので、諦めずに確認してみてください。

実務担当者必見！スムーズに進めるための必要書類とやり方

ここからは、実務担当者がスムーズに業務を進めるために必要な書類と、効率化のポイントを解説します。

会社側で準備・回収が必要な申告書と控除証明書

年末調整を円滑に進めるためには、従業員からの書類回収が最大の難関といえます。事前に以下の書類が必要であることをアナウンスしておきましょう。

給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
給与所得者の基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書
給与所得者の保険料控除申告書
住宅借入金等特別控除申告書（住宅ローン控除2年目以降の場合）

これらに加え、保険会社から届くハガキ（控除証明書）の原本添付が必要です。紛失している従業員には、早めに再発行の手続きを促す必要があります。

経営者個人の確定申告に必要な源泉徴収票と決算書

経営者が確定申告を行う場合、会社から受け取る「源泉徴収票」が必須です。ご自身の役員報酬の源泉徴収票に加え、不動産所得や事業所得がある場合は、それぞれの収支内訳書や青色申告決算書の作成も必要になります。

また、医療費控除を受ける場合は「医療費控除の明細書」、ふるさと納税をした場合は「寄附金の受領証」など、個人の支出に関する証明書も漏れなく集めておくことが重要です。

e-Taxや会計ソフトを活用した業務効率化のポイント

手書きやExcelでの計算は、手間がかかるだけでなく計算ミスの温床となります。現在は、クラウド給与計算ソフトや会計ソフトを活用することで、業務時間を大幅に短縮可能です。

また、国税庁の「e-Tax（電子申告）」を利用すれば、税務署へ出向くことなくオフィスや自宅から申告が完了します。マイナポータルと連携することで、保険料控除証明書などのデータを自動取得できる機能も充実してきています。デジタルツールを積極的に導入することが、バックオフィスの生産性向上への近道です。

自社対応のリスクとは？経理・税務をアウトソーシングする判断基準

ここまで実務の流れを見てきましたが、「正直、社内だけで対応するのは限界だ」と感じる方も多いのではないでしょうか。年末調整や確定申告を自社で完結させることには、見えないリスクも潜んでいます。

複雑化する税制改正に対応するコストと計算ミスのリスク

税制は毎年のように改正されます。インボイス制度への対応や、扶養控除の要件変更など、最新の情報をキャッチアップして正確に実務へ反映させるには、高い専門知識と学習コストが必要です。

もし計算ミスがあれば、従業員への追加徴収や還付が発生し、信頼関係にヒビが入る恐れもあります。税務調査が入った際に不備を指摘されるリスクも考慮しなければなりません。

経理担当者の負担を減らし本業に集中できる環境作り

年末の繁忙期に経理担当者が計算業務に忙殺されると、月次決算の遅れや、経営判断に必要な数字の共有が遅れるといった弊害が出ます。経営者自身が計算を行っている場合は、なおさら「本業に使うべき時間」が削られてしまいます。

生産性の低い事務作業に社内の貴重なリソースを割くよりも、専門家に任せてしまったほうが、結果としてコストパフォーマンスが良いケースは多々あります。

法人税務と個人の確定申告をトータルで相談する価値

法人と経営者個人の財布は、密接に関係しています。「会社の節税はできたが、個人の税負担が増えてしまった」といった事態を避けるためにも、法人税務と個人の確定申告はセットで考えることが理想的です。

税理士にアウトソーシングすることで、会社と社長個人のバランスを見た最適な節税対策や、将来の資金繰りまで見据えたアドバイスを受けることが可能になります。

年末調整・確定申告に関するよくある質問

Q1.年末調整後に扶養親族の異動があった場合はどうする？

A.年末調整が終わった後に、結婚や出産などで扶養親族の数に変更があった場合は、「年末調整の再計算」を行うか、従業員自身で「確定申告」を行ってもらうことで調整可能です。翌年1月末の源泉徴収票交付前であれば社内で再計算するのがスムーズですが、手間がかかる場合は確定申告を案内しても問題ありません。

Q2.アルバイトの給与収入が少ない場合でも申告は必要？

A.年収103万円以下であれば所得税はかかりません。しかし、月々の給与から源泉徴収されている場合は、確定申告（還付申告）を行うことで税金が戻ってくる可能性があります。なお、副業の所得（アルバイトの給与収入やその他の副業利益など）が年間20万円以下であれば所得税の確定申告は不要ですが、住民税の申告は別途必要になるため注意しましょう。